Kromě velké zásilky materiálů Válečného archivu SS ze Zásmuk se sem dostávaly i menší fondy nalezené ve spisovnách úřadů či v různých budovách nebo na nádražích, kde zůstaly při pokusu o odvoz do Německa.
V budově Invalidovny v Praze-Karlíně od konce války sídlil nově vytvořený Vojenský ústřední archiv. V roce 1949 došlo k jeho sloučení s tzv. Archivem Památníku osvobození na Žižkově, který již před válkou archivoval legionářskou dokumentaci, zatímco za protektorátu zde sídlil německý Heeresarchiv coby pobočka hlavního vojenského archivu v Postupimi, který však byl zničen při náletu Spojenců na Postupim. Z tohoto Památníku došla do vojenského archivu velmi rozsáhlá dokumentace vlastního německého vojenského archivu. V následujících letech došlo ještě k některým nevelkým předávkám (trvaly až do 80. let) z různých státních a městských archivů podle nařízení o centralizaci vojenského materiálu v archivu nejvyšší úrovně.
Nutno říci, že veškerý převzatý spisový materiál se nacházel v nedobrých podmínkách. Ve staré budově pro něj nebylo dost místa. Tento problém se ukázal už při pokynu k převzetí Válečného archivu SS, kdy se termín přejímky několikrát oddaloval. Až do začátku 60. let ležely mnohé spisy na hromadě na chodbě nevytopené budovy. Jen u některých zjevně důležitějších fondů byla provedena ze strany někdejších archivářů povrchní analýza obsahu spisového materiálu. Překvapivý byl však pro mě existující zápis, že již v roce 1957, a to v rámci mezivládní dohody s NDR o navrácení zavlečených kulturních statků (akce se celoúzemně týkala především zcizených uměleckých předmětů, ale byly do ní zařazeny i spisy), daroval náš stát NDR a prostřednictvím archivu dne 9. 4. 1957 předal pracovníkům Stasi personální a soudní dokumentaci německých vojáků o celkové váze 10 tun. Kromě stručného zápisku o předání se o této akci nic bližšího nezachovalo.
Blýskat na časy se začalo počátkem 60. let po nástupu nově jmenovaného ředitele (byl počátkem normalizace odvolán). Za jeho vedení se začal archivní materiál pozvolna zpracovávat a teprve vyšlo na světlo, jaké důležitosti obsahuje. V roce 1964 se začaly navazovat první kontakty na mezinárodní úrovni, a to jak s archivy v SSSR, tak i v USA. Tento proces byl však záhy zastaven a materiálů se ujalo takřka bezvýhradně ministerstvo vnitra, které veškerou dokumentaci označilo za tajnou a veřejnosti nepřístupnou. Od toho okamžiku používala německé fondy pouze tzv. Vládní komise pro stíhání válečných zločinců. V té bylo zastoupeno ministerstvo vnitra, spravedlnosti, byl v ní náčelník vojenského archivu a člen Svazu protifašistických bojovníků. Vládní komise byla jediným styčným orgánem mezi naší republikou a Německou spolkovou republikou, které posílala materiály s výzvami k zahájení stíhání válečných zločinců, žijících dosud v NSR. Než však byl nějaký podnět podán, musela se osoba nejprve nahlásit orgánům NDR k prověření, zda se nejedná o jejich občana, kterého by bylo možno operativně využít, to znamená z důvodu špatné minulosti donutit ke spolupráci. (Tuto informaci jsem četla v materiálech Vládní komise při studiu tématu v 90 letech v někdejším Státním ústředním archivu). Ministerstvo vnitra si osobovalo pravomoc zacházet s dokumentací podle svého. Porušovalo výpůjční lhůty pro svůj tzv. Studijní ústav a s velkou pravděpodobností i některé archivní materiály zabavilo.
Určitou nesrovnalost zapříčinil i Svaz protifašistických bojovníků, kdy jejich člen uvedl mylnou informaci o "novém nálezu" archivního materiálu (ne, že byl v archivu již od roku 1946, avšak teprve nyní začal být zpracováván), což bylo následně zaměněno s nevěrohodnými materály z Černého jezera na Šumavě. Svaz protifašistických bojovníků dal rovněž bez souhlasu archivu podnět k tomu, aby byla v Rakousku v nakladatelství Europa vydána část válečného deníku Kommandostabu Reichsführera SS, uloženého ve vojenském archivu. Vyvolalo to šok a zděšení, neboť spisy obsahovaly zprávy o holocaustu v Bělorusku, a někteří přívrženci nacismu to ihned označili za komunistický podvrh. Od té doby se však ve světě vědělo, že "v Praze něco je".
Konec 1. části
