Nejstarším železničním nádražím v Praze je Masarykovo nádraží, kam první vlak přijel 20. srpna 1845 a které bylo ve své době jednou z největších nádražních budov v Evropě. Původně nádraží neslo název pouze Praha, později Praha státní nádraží. V letech 1919 až 1940, 1945 až 1952 a od roku 1990 je pojmenováno po prvním československém prezidentovi. Za okupace se nazývalo Hybernským nádražím, v letech 1953 až 1990 pak nádražím Praha - střed.
Masarykovo nádraží vzniklo jako konečná stanice dráhy z Olomouce do Prahy; tato trať byla součástí významného spojení Vídně s Prahou. Jeho význam ještě vzrostl v roce 1850 po otevření železnice do Lovosic, Drážďan a Berlína. Třetí železniční trať, která byla na nádraží dovedena, takzvaná pražská spojovací dráha, je v roce 1872 propojila přes dnešní Hlavní nádraží se Smíchovem.
Nádraží postavilo konsorcium společností Vojtěcha Lanny a bratří Kleinů v letech 1844 až 1845. Polohu nádraží a kolejiště navrhl Jan Perner, budovy architekt Antonín Jüngling. Nádherná empírová architektura nádraží s prvky novorenesance a klasicismu se více méně dochovala v nezměněné podobě dodnes.
Nádraží je jediným neprůjezdným (hlavovým) osobním nádražím v Praze, proto je nutné přepřahat některé lokomotivy. Původně bylo rozděleno pražskými hradbami na městskou část pro osobní a nákladní dopravu a mimopražskou část pro odstavování vozidel a manipulaci.
